圣诞之夜，卡森共和国水企业与哈里曼达拉公司签订协议的现场发生血腥屠杀，警察机动部队对示威群众无差别射击，神秘病毒“火种”浮现。草薙素子（坂本真绫配音）与独立机动部队救下全身义体的少女津田艾玛（茅野爱衣配音），她身上隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的秘密。公安9课课长荒卷大辅（塾一久配音）拒绝将艾玛交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香配音），命令草薙护送她至501机关调查。草薙在艾玛身上发现两个灵魂的存在，揭开了官方与军方隐藏的悲惨真相……两人的命运将如何交织？扑朔迷离的真相等待揭晓。